W szeregach GL i AL. Przechodzi szkolenie wojskowe, a zdobytą wiedzę i umiejętności wykorzystuje w walce zbrojnej z hitlerowcami na terenie Warszawy. Z chwilą wybuchu Powstania Warszawskiego, jako dowódca kompanii walczy na Starym Mieście i Żoliborzu, dając przykład żołnierskiego poświęcenia i bohaterstwa.

Po zgładzeniu sztabu AL na ulicy Freta 16, w wyniku niemieckiego bombardowania, oraz po upadku Powstania wraz z grupą ocalałych powstańców przedziera się wpław przez Wisłę na praski brzeg, gdzie wstępuje w szeregi Wojska Polskiego. Jest zawsze na pierwszej linii frontu. Walczy między innymi na Wale Pomorskim, o zdobycie Berlina, nad Łabą aż do zakończenia wojny.

Za zasługi bojowe i pełną poświęcenia służbę został odznaczony:

> Krzyżem Grunwaldu 2 klasy,
> Krzyżem Virtuti Militari 5 klasy,
> Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski,
> Krzyżem Walecznych, Krzyżem Partyzanckim,
> Krzyżem Powstańczym,
> medalem "Za Warszawę",
> medalem "Za Odrę, Nysę, Bałtyk",
> medalem "Za zdobycie Berlina"
> i wieloma innymi, które znaczyły etapy jego wojennej biografii.

Generała Henryka Jankowskiego "Kubę" cechował zwykle serdeczny stosunek do ludzi, głęboka uczciwość, niestrudzona pracowitość i wytrwałość - tak pisał o nim jego bezpośredni przełożony uznany autorytet moralny i ekspert wojskowy gen. Kuropieska.

Niedługo przed śmiercią gen. Jankowski zostaje przewodniczącym Społecznego Komitetu Budowy Szkół 1000-lecia Warszawskiego Okręgu Wojskowego i staje się jednym z inicjatorów budowy dwóch szkół wzniesionych przez Warszawski Okręg Wojskowy: Szkoły podstawowej w Studziankach i Szkoły średniej w Aninie.

Po krótkiej i ciężej chorobie zmarł 10 sierpnia 1959 roku. Został pochowany w Alei Zasłużonych na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach w Warszawie.
Henryk Jankowski żył krótko i w ciągu zaledwie połowy przeciętnej życia człowieka jednak przeżył tyle, że starczyłoby na co najmniej dwa życia.
Walczył, był ranny, pracował, angażował się w budowę szkół. Podczas pobytu w Instytucie Badań Jądrowych w Dubnej pod Moskwą otrzymuje dużą porcję promieni. Umiera mając zaledwie 37 lat w niejasnych okolicznościach.
Kiedy oddawano do użytku naszą szkołę, delegacja WOW zaproponowała Radzie Pedagogicznej, żeby nadać jej imię swego dowódcy i budowniczego szkoły Henryka Jankowskiego "Kuby".

Dzisiejsi uczniowie znają swego patrona przede wszystkim jako żołnierza i inicjatora budowy szkoły. Dzięki jego historycznym związkom z WOW - szkoła korzystała przez wiele lat z opieki i współpracy z wojskiem. Dziś wiele się zmieniło, ale i dziś wojsko czuje się związane z naszą szkołą i nie odmawia pomocy - dowodem planowana musztra paradna podczas obchodów 35-lecia budynku szkolnego.